Das Spiel um die Macht beginnt von Neuem...
5000 Jahre danach
Yugi Mûto löst das Puzzle. Der Geist des Pharao wird zu seinem Freund und Helfer. Doch Seine Majestät kann sich an nichts aus seiner Vergangenheit erinnern...
Ägypten - Kairo
Marik Ishtar benutzt das erste Mal den Millenniums-Stab und befördert damit seinen Vater in das Reich der Schatten. Damit hat er die drei Amunpriester geweckt. Die Erinnerungen des Hohepriesters Seth sind tiefer im Stab vergraben. Der Geist eines der Amunpriester nimmt Besitz von Marik und versucht mit allen Mitteln die Macht des Pharaos zu erlangen.
Beim Kaiba Battle City Turnier treffen beide Mächte aufeinander und die Geschichte wiederholt sich...
